虚拟仿真实验教学中心在教学实践中，确立了“以管理促进教学发展、以管理保证教学质量、以管理实施教书育人”的教育思想，引进了先进的教学管理模式，建立了完善的教学管理制度和质量评价与控制体系。中心以虚拟仿真实验教学资源的开放共享和充分使用为目标，系统制定并有效实施了保障虚拟仿真实验教学的教师工作绩效考核、经费使用管理、实验教学中心维护与可持续发展等政策措施，建立了有利于激励学生学习和提高学生创新能力的教学效果考核、评价和反馈机制。
    虚拟仿真实验教学中心是学校的公共实验教学平台，保证虚拟仿真实验教学资源的开放共享和充分使用，学校教务处、设备处、科研处以及人事处等相关各处对教学安排、虚拟仿真实验教学仪器设备、实验设施、实验教学用房、虚拟仿真教学资源的研发、中心在编人员等方面实行集中管理和调配，确保中心运行效率。

中心实行主任负责制，设主任1 人，副主任4人，中心主任作为第一负责人主持中心的全面工作，副主任分工对实验中心的各项工作进行安排、协调和督促检查。成立包含校内外知名专家、相关学科的教师、合作企业的代表以及正副主任在内的虚拟仿真实验中心发展指导委员会。教学指导委员会负责出台学院虚拟仿真中心建设规划、审定各教学单位上报的实验资源建设计划、中心制度建设等，协调实验实训教学管理、监督检查、人员调配、经费划拨、资产调度等工作。实验中心负责实验中心的建设管理、实验实训教学管理、资产管理、日常管理、社会服务管理等；负责规定各教学单位的职责，负责实验实训教学计划管理、教学耗材的计划、实验实训教学实施和监控等。中心建立专职队伍对虚拟仿真实验教学系统进行建设、支持、更新与维护。厦门凤凰创壹软件有限公司作为企业合作伙伴，建立运行维护团队配合厦门大学虚拟仿真实验教学中心对虚拟仿真教学资源进行软件维护与升级。中心根据教学需要，建立了实验中心实验专职教师队伍，更新教学资源，为新的实验课程提供制作教学资源的脚本。